Nel 1208 venne confermata la separazione patrimoniale da Pieve di alcune chiese, fra le quali anche Ampezzo. La cura d’anime di Ampezzo ottenne il titolo di “pieve” o parrocchia nel 1347. Nel corso delle guerre della “Lega di Cambrai” (1509), Massimiliano I imperatore s’impadronì di Aquileia, sede del patriarcato.
Iniziò così una lunga contesa fra Vienna e Venezia per il controllo dell’autorità religiosa che aveva giurisdizione, oltre che nella parte veneta, anche nel goriziano e in altre terre occupate dagli austriaci. Cortina, dopo le trattative di pace del 1516-1523, con il favore del papa e della Francia, era passata politicamente sotto la protezione degli Asburgo; ma restava, dal punto di vista religioso, suddita del patriarca, perché era parte dell’arcidiaconato del Cadore.

Il patriarca amministrava tutte le parrocchie, sia in territorio veneto che austriaco. L’ultimo a godere di questo diritto fu Dionisio Delfino, che venne in visita pastorale a Cortina nel 1701. Alla sua morte (1734) gli successe il nipote Daniele Delfino, 109° patriarca di Aquileia, che fu in Ampezzo nel 1735: nell’occasione consacrò la chiesa di Campo. La sua nomina fu subito osteggiata sia da Vienna che da Venezia. La questione per la giurisdizione patriarcale in territorio austriaco si concluse con la suddivisione del territorio in due parti (1749): la parte veneta fu affidata a Delfino, nominato cardinale, quella austriaca a Carlo Michele conte di Attems, vicario apostolico residente a Gorizia. Il 6 luglio 1751 il papa Benedetto XIV soppresse la sede di Aquileia, per creare gli arcivescovadi di Udine e Gorizia; il diritto di nominare i due arcivescovi fu affidato rispettivamente all’Impero e a Venezia. Le popolazioni della parte veneta passarono sotto il vescovo di Udine, quelle austriache sotto quello di Gorizia.

Ordinò allora che la parrocchiale, troppo ridotta, venisse allargata o ricostruita. Il vescovo di Gorizia, conte di Edling, inaugurò la nuova chiesa costruita dal parroco Francesco Saverio, suo cugino, nel 1776. A partire dal 1789 al parroco di Ampezzo venne concesso anche il titolo di decano.
Nel 1790 gli Ampezzani, udito che in Cadore stava arrivando il vescovo di Udine, Nicolò Sagredo, lo invitarono in Ampezzo: fu l’ultimo vescovo di parte veneta a visitare il paese.

L’imperatore Giuseppe II soppresse l’arcivescovado di Gorizia nel 1784 ed il Papa, forse per non creare ulteriori contrasti, acconsentì che il territorio fosse nuovamente spezzettato. Una parte venne ceduta alla sede di Gradisca, l’altra a quella di Lubiana. Cortina passò a Lubiana.
Nel 1789 anche Lubiana fu divisa: parte dei territori venne data al vescovo di Bressanone e Cortina cambiò ancora sede. Quest’ultima soluzione, escluso il periodo napoleonico, terminò nel 1964, anno in cui la Santa Sede tolse la parrocchia di Cortina a Bressanone e l’assegnò alla diocesi di Belluno (Belluno-Feltre dal 1986), alla quale appartiene tuttora.